囊腫是良性疾病，手術指徵的把握較為彈性。醫學上一般以5cm為界，<5cm的囊腫多數不需要處理，>5cm的囊腫可考慮手術治療，但並不是必須做手術，多數情況下，腎臟囊腫向腎外突出，對腎臟本身的結構和功能無太大影響。

對於年輕患者，如囊腫逐年增長，且生長速度較快，這時可考慮進行手術治療，而對於年老患者或腫瘤發展緩慢的情況，一般不考慮手術。除大小外，還要關注囊腫位置，如果其可能壓迫腎盂造成腎臟積水，則需積極處理。同時如果懷疑惡性囊腫，也需積極處理。