女性腎囊腫從病因的角度，絕大多數原因並不清楚。腎囊腫只有少數情況可能存在明確病因，比如遺傳性疾病、基因變異疾病、結節性硬化、VHL綜合徵等，少見患者可能存在多囊腎的情況，少見情況可能見於代謝或基因的變異。

多數情況下囊腫沒有明確原因，可能考慮腎實質內存在炎症性疾病或出血性的疾病，局部病變破壞正常腎組織，待病變穩定後炎症、出血被吸收，局部形成水泡樣改變稱為囊腫。但多數情況下並不是那麼明確，所以無論是女性腎囊腫還是男性腎囊腫，多數沒有明確病因。