腎囊腫手術與穿刺效果均可，但在穿刺以後需要用硬化劑類藥物，而國內可以批准在人體用的硬化劑非常少，所以從效果或者治療的合法性而言，多數情況下如果僅穿刺，不用硬化劑，效果不會太好，手術效果更好。不管是哪種情況下，穿刺效果都不如手術效果更直接，穿刺後復發可能性會更大。

但是因為部分患者身體耐受性差，可能體虛或者對手術比較抗拒，不接受手術，因為手術創傷比穿刺大，所以考慮到其他因素，部分患者也可以選擇穿刺。但如果穿刺時沒有用硬化劑以及後續治療，則效果相對較差。