對於腎囊腫藥物治療往往無效，一般需要手術治療。在治療腎囊腫時需要對腎囊腫進行區分，是單純性腎囊腫還是複雜性腎囊腫，具體治療方法如下：

1、單純性腎囊腫：指囊腫沒有分隔，囊壁比較薄，僅僅是囊壁包著一包水，對於單純性腎囊腫而言，治療取決於囊腫大小，如果囊腫直徑<4cm，由於個頭比較小，對人體的影響比較小，無需特殊治療，只需要每年定期做影像學檢查，比如B超監測囊腫大小。如果囊腫的直徑>4cm，特別是囊腫不是外凸，而是長在腎裡面，由於囊腫比較大，有可能會壓迫腎組織，影響腎功能，通常需要進行手術治療，可以採用囊腫去頂術，也可以採用囊腫穿刺引流加硬化劑注射治療；

2、複雜性腎囊腫：往往是囊壁比較厚或者有分隔，分隔比較厚、有鈣化，有些患者還會出現囊壁或者囊腫分隔裡有軟組織成分，對於這種囊腫需要警惕有惡性的可能，即囊性腎癌的可能，往往需要手術切除。