腎囊腫通常沒有特效藥物治療。如果腎囊腫的直徑比較小，則不需要特別治療，也沒有特別的臨床症狀。當單個囊腫的直徑＞5cm或者合併感染、出血時，患者可能有腰部脹痛，出現血尿、尿頻、尿急、尿痛，甚至發燒、腰痛等症狀，通常建議進行囊腫穿刺抽液硬化術或者囊腫切除術治療。

腎囊腫主要與腎小管憩室相關，隨著年齡增大，腎小管憩室增多，因此老年人患腎囊腫的幾率較高。較小的腎囊腫不需要特別治療，也沒有特效藥物預防，較大的囊腫且患者有明顯的臨床症狀時，需要用腎囊腫抽液硬化術或者腎囊腫切除術治療。