腎囊腫為良性疾病，多數情況下無需治療。如果為多發性囊腫，囊腫囊腔較大、直徑在＞5cm且有破裂風險時，患者需積極治療，以外科治療為主。患者可選擇泌尿外科進行相關治療，比如手術或將囊液抽出後注射硬化劑使腎囊腫不再生長。

若腎皮質較薄，且經過檢測患者的腎臟功能基本消失，此種情況下可將腎臟全部切除，但需尋求專業的泌尿外科醫生幫助。