多發腎結石(多發性腎結石)一次是否能處理乾淨，與結石位置、醫生操作水平有關，絕大多數不能完全清理乾淨。多發性腎結石的處理原則是要將引起梗阻部位的結石清除，避免形成繼發性腎臟積水。

如果有多發性腎結石，術前需進行CT平掃，評估結石在各個部位的數量，以及結石引起的腎臟積水情況，可以選擇單通道或多通道治療，儘可能將結石清除。通常有殘留的結石可以考慮二次碎石，可以體外振波碎石處理，也可以考慮輸尿管軟鏡聯合經皮腎鏡，儘可能將結石清除，同時患者手術後也需要多飲水、多排尿。