大部分腎結石可以採取碎石治療，常用的碎石能量稱為衝擊波，是利用衝擊波原理，將能量傳遞到腎內密度較高的結石上，將結石粉碎。但是體積偏大或腎結石合併腎臟積水，腎內可能有感染，或同側腎結石在下端還有輸尿管結石，這時需先做輸尿管結石的碎石，不能先處理腎臟，否則可能加重堵塞，並不能解決病痛。

所以針對大部分腎結石，需根據結石大小、位置，包括從CT上預判硬度，還需觀察患者是否繼發腎積水或感染、中毒，綜合判斷是否能做體外衝擊波碎石。做碎石之後需關注結石的排出，結石排出屬於疼痛過程，可口服α受體阻滯劑，代表性藥物如坦索羅辛。另外碎石需講究間隔，一般在間隔1周後才能安排做第2次碎石，否則容易加重結石周圍組織損傷。