前列腺炎抗菌凝膠有副作用，屬於局部使用藥物，通過身體皮膚黏膜吸收，然後經過肝臟、腎臟代謝。通常藥物均要經過肝腎代謝，抗菌素通常會加重肝臟負擔，而且有時抗菌素也會對肝臟功能造成一定的損害。

抗菌素多數為化學合成物質，會增加腎臟排洩負擔，甚至對腎小球、腎小管也會有一定損害。如果抗菌藥物局部使用過多，可能會增加細菌對藥物的耐藥性，從而下次再用同類藥物治療時，通常治療效果會變差。