就目前所接觸到的資料來看，黃連素對於治療前列腺炎基本上無作用或者從臨床經驗來看，基本上不會用黃連素治療前列腺炎。臨床上尚未做此方面嘗試的原因是根據前列腺炎疾病的機理以及主要病症的表現，再結合黃連素主要藥理作用，兩者沒有太多交叉。

黃連素片也稱為鹽酸小檗鹼，平時可能使用最多的治療，即治療拉肚子或者胃腸道症狀。前列腺炎從根本上來講，可能是泌尿系疾病，是泌尿生殖系的器官，可能會累及到周圍的組織、器官，造成相應症狀。就此症狀而言，可能沒有黃連素的用武之地。