胃潰瘍分為良性和惡性，良性潰瘍根除幽門螺桿菌後，患者可以獲得痊癒，而惡性潰瘍即使根除幽門螺桿菌，潰瘍仍不能癒合。

胃潰瘍應與十二指腸球部潰瘍鑑別。十二指腸球部潰瘍發生於十二指腸球部，發病機制與胃潰瘍類似，也是幽門螺桿菌感染。而且十二指腸球部潰瘍很少發生癌變，完全根除幽門螺桿菌後可以痊癒。

同時，胃潰瘍還應與糜爛性胃炎鑑別，糜爛性胃炎與胃潰瘍的病變程度不同，胃潰瘍病變累及胃壁第三層組織即黏膜肌層；而糜爛病變位置表淺，僅累及黏膜或者黏膜下層。