先天性卵圓孔未閉的治療方式主要是手術治療，手術的方案有兩種，一種是傳統的圓孔未閉的修補手術，另外一種是微創的封堵手術。

修補手術可以使經胸前的劈開胸骨的這種正前方的開胸，也可以是側面，在兩個肋骨間隙開胸的這種側開胸方式。封堵手術也有兩種，一種是在X射線下，經過股靜脈插管來進行封堵。

另外一種是在食道超聲的引導下，由胸部小切口進去進行封堵。前一種是在心內科做後，一種是在心外科做。並不是所有的卵圓孔未閉就需要治療，如果卵圓孔未閉的直徑非常小，對心臟結構、肺動脈壓力都沒有任何影響，病人也沒有任何的症狀，有可能不需要治療。所以需不需要治療，要到心外科或者是心內科找醫生去看，來判斷有沒有手術指徵，需不需要進行治療。