便秘時可以灌腸排便，但不是首選方法。臨床上在不得已情況下才進行灌腸排便。大便在腸道內存的時間較長、較幹，呈一粒一粒，這時與腸道之間的摩擦力較大。

灌腸會選用開塞露，對於腸道神經有一定刺激作用，時間長以後會造成直腸對於大便的感覺下降。比如原來直腸有感覺會傳到大腦，告知人體要排便。經常使用開塞露，這種感覺會變弱，會變的存較多大便時才有感覺，甚至感覺較弱。因此灌腸不作為便秘治療的首選。部分患者有神經系統等問題，可以進行灌腸，甚至可以進行直腸沖洗治療。