便秘灌腸存在較大副作用，不建議便秘患者每天使用灌腸劑進行灌腸改善便秘。便秘灌腸改變肛腸括約肌功能，增加便秘自然排便閾值，長期使用可能會造成更頑固便秘；可以導致腸道功能紊亂，造成肛周黏膜破損，以及引起腸道菌群失調。

臨床中只有對急性便秘例如短期內出現飲食困難，手術後相對不能恢復正常運動出現急性便秘，可以考慮用灌腸。灌腸劑包括甘油灌腸劑，分為長柄和短柄，以及病房用清潔灌腸劑，應用生理鹽水或甘油進行灌腸可以讓積滯糞便能夠順利排出。

因此慢性便秘患者不建議長期使用灌腸劑，可能會導致更嚴重問題。慢性便秘患者建議到醫院就診明確原因，可以應用聚乙二醇類緩瀉劑有效改善患者便秘。