肛周膿腫是由炎症感染引起來的，一般是革蘭氏陰性桿菌感染，所以選擇藥物以抗生素為主。

抗生素可以選擇第2代頭孢類，偏於治療革蘭氏陰性桿菌，常用的代表藥物是頭孢呋辛酯片；氨基糖甙類抗生素，代表藥物是慶大黴素；喹諾酮類抗生素，代表藥物是諾氟沙星膠囊和左氧氟沙星片等，對於肛周膿腫感染效果都比較好。

同時也要配合中成藥活血化瘀的藥物，更有利於消腫。中成藥的可以選擇槐角丸、邁之靈片等。具體用藥還需要結合病情嚴重程度，由面診醫師指導用藥。