肛周膿腫如果不開刀，也可以選擇保守的抗感染治療，通常需要應用頭孢類或者聯合甲硝唑類的消炎藥物。但是肛周膿腫這個疾病如果治療延誤或者沒有得到有效的治療，很容易併發肛瘻的形成。

肛瘻屬於肛周膿腫的慢性期表現，而肛周膿腫最有效的治療辦法還是選擇手術進行切開引流。因為發生原因都是由於肛竇的炎症反覆不愈而導致的，容易在局部形成膿腫，並且對於有基礎疾病的病人，包括糖尿病、機體免疫力低下的患者，很容易繼發肛周軟組織的感染，而單純的保守治療可能會導致膿腫的侷限。當機體免疫力低下的時候，還會誘發膿腫的再發，反覆的不愈，最終都會導致肛瘻的形成，會給病人增加很多不必要的痛苦。