出現肛周膿腫時不建議進行保守治療，因為肛周囊腫屬於肛腺感染，引起的急性肛周感染性化膿性疾病，屬於急性感染，保守治療易延誤病情。如果患者想保守治療，可以選擇口服消炎藥、頭孢類藥物、甲硝唑類藥物，同時使用高錳酸鉀溶液對肛門局部進行燻洗、坐浴等。

在整個治療過程重要注意飲食，避免便秘或者腹瀉。如果保守治療有效，硬結節會逐漸縮小到完全消失。如果硬結節範圍逐漸擴大且出現波動感，證明結節出現化膿，此時最有效的治療方式是進行手術切開對膿腫進行引流。在手術過程中留取膿汁，在術後進行細菌圖片和菌培養，以便進行針對性的抗感染治療。手術後定期進行換藥，防止皮膚癒合過快而引起慢性肛痿。