肛周膿腫的治療有非手術和手術治療。非手術治療，可以口服西藥治療，比如選用頭孢類抗生素或者抗厭氧菌的甲硝唑和替硝唑等。如果是肛周結核性的膿腫，還應該配合抗結核藥物治療。也可以應用中成藥治療，比如仙方活命飲，多用於肛周膿腫的早期，可以促進膿腫的消腫。

如果在膿腫的中期，可以口服青蒿鱉甲湯合三妙丸，起到養陰清熱，祛溼解毒的作用。如果膿腫的晚期可以口服二陳湯合百合固金湯，可以減輕肛周膿腫，使膿液吸收。肛周膿腫的治療，如果通過藥物治療以後感染得不到控制，應當及時地行手術治療，比如膿腫切開引流，這是控制感染的關鍵。