肛周膿腫不可以自愈，肛周膿腫可以短期內不發作，紅、腫、熱、痛的症狀可以不出現，比如維持1個月、3個月、半年甚至於2-3年。但是肛周膿腫不可能徹底癒合，因為從肛周膿腫的病因是肛門內有感染源，肛門內的感染源沒有治癒，沒有通過治療手術切除，始終是爆發疾病的定時炸彈。這段時間雖然沒有表現出來，處於靜止期。在勞累、肛門腺受刺激時會出現。而且患者要注意肛周膿腫有時候是從肛門周圍表面能表現紅、腫、熱、痛、，而部分肛門內的腔隙，比如直腸後間隙、骨盆直腸間隙，此處的膿腫是一種隱性的膿腫。

感染沒有沿肛門表皮表現出來，反而是沿著直腸黏膜下或者是直腸後深間隙向盆腔等方向發展，這時候不容易被發現，甚至醫生診斷也會漏診。所以肛周膿腫雖然在處於靜止期，比如說紅、腫、熱、痛比較輕，但還是要進行一定的治療。