肛瘻手術後的疼痛可能一週左右才能夠好，疼痛時間也可能會更長。因為肛瘻是在肛門處所發生的病變，局部的神經非常豐富，所以在手術以後，患者會陰部會有非常明顯的疼痛，特別是在術後第一天，麻醉藥物代謝結束以後，局部會有非常劇烈的疼痛，需要用一些止痛的藥物或者止痛針來對症治療，這樣才能緩解疼痛。

通常2-3天后，局部的疼痛感會逐漸的減輕，一般在術後一週左右，局部的疼痛就會明顯緩解，但是在傷口換藥的時候，還會引起局部疼痛等不適的症狀，要等到傷口完全癒合好以後，局部的疼痛才能夠徹底的好轉。