水土不服便秘，可以輔助促進排便的外用藥物或口服藥物，如外用開塞露。如果便秘較嚴重，積的大便較多或多天沒有排便，可以使用甘油灌腸劑。如果外用藥物不能快速排便，可以臨時使用較強烈的藥，即刺激性瀉藥，如果導片或用含有大黃的治便秘的藥物，也可以使用膽寧片的藥物，還可以喝番瀉葉，但此類瀉藥不適合長期使用，因為易導致大腸黑變病。

如果平時有便秘情況，一定要請醫生幫助分析便秘原因，是否只是水土不服或其他原因，應進行相應治療。對於預防水土不服出現便秘的情況，可以去不同地方前服用益生菌，如長雙歧桿菌等。現在有較多種類的益生菌，可幫助提前預防水土不服導致的便秘。