直腸陰道瘻分為先天性和後天性。先天性主要是先天因素導致。後天性直腸陰道瘻，病因複雜，常見於產傷、婦科盆腔手術、直腸癌術後併發直腸吻合口瘻、晚期癌症、感染、放射性損傷、性暴力或性犯罪等人為外傷。具體如下：

1、肛門直腸周圍感染膿腫形成後，如果處理不及時或者不當，膿腫可穿透直腸陰道隔，導致瘻形成；

2、硬化劑注射時局部藥物濃度過高、劑量過大等，可以引起局部組織感染、壞死而形成瘻；

3、婦科腫瘤手術，如腫瘤與直腸黏膜粘連或侵犯直腸，剝離時可損傷直腸，如處理不當術後也易形成瘻；

4、常見於產科分娩過程中，如會陰保護不當或切開會陰偏離，偏向後縱中位也會導致直腸陰道瘻的形成；

5、直腸陰道貫穿傷可直接造成直腸與陰道間通道，傷後如果未及時發現及處理，極易形成直腸陰道瘻。