雙歧桿菌通常對於便秘有效，但不會立即見效。患者服用1次或服用1天雙歧桿菌，便秘可能不會出現明顯改善。雙歧桿菌治療便秘的主要作用機制，在於雙歧桿菌屬於人體有益菌，進入腸道以後可以調節腸道菌群之間的平衡，有利於機體增加有益菌。有益菌增加以後，對食物中的部分成分，比如對膳食纖維可以進行降解，產生小分子化合物，比如短鏈脂肪酸。短鏈脂肪酸有比較廣泛的生物學作用，可以影響大腦分泌5-羥色胺，也可以影響到腸道5-羥色胺的分泌水平。

5-羥色胺對腸道的動力有比較重要的影響，如果5-羥色胺的分泌量增加，會促進腸道蠕動，從而緩解便秘的症狀。益生菌還有其它較多複雜的機制，目前臨床還並不明確，如果患者服用益生菌治療便秘，需要多種有益菌補充並達到一定的時間，通常建議至少3個月以上。如果患者希望服用益生菌幾天就能夠達到緩解便秘，並不切合實際。治療便秘更加快捷的方法是服用緩瀉劑，例如臨床常用的普蘆卡必利、乳果糖、聚乙二醇或利那洛肽等。雙歧桿菌治療便秘的好處在於其屬於益生菌，對人體沒有不良反應。