自身免疫性甲狀腺疾病主要是指慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，目前還沒有特殊的治療方法。如果甲狀腺比較小，又沒有明顯壓迫症狀的患者，可以密切隨訪觀察。

對於甲狀腺腫大明顯，並且伴有壓迫症狀的患者，可以採用左旋甲狀腺素片進行治療，甲狀腺腫可以隨之慢慢縮小。如果有甲減的患者，則需要用甲狀腺激素進行替代治療。使用左旋甲狀腺素治療一年，大約有1/3的病人，甲狀腺功能可望恢復到正常範圍。