可以用於治療甲狀腺疾病的中草藥，主要包括半夏、黃芩、龍膽草等。雖然這些藥物可以用於治療甲狀腺疾病，但是在臨床上仍舊需要進行辨證治療，需要根據患者的自身症狀以及實驗室檢查進行相應的配伍。一般情況下出現甲狀腺功能亢進症或者甲狀腺局部腫大之後，可以使用海藻進行治療。

如果出現甲狀腺腫大影響到正常的呼吸和進食，需要選擇性的切除局部甲狀腺組織，同時也可以使用中藥進行輔助治療，例如半夏厚朴湯，主要使用的中藥包括半夏、厚朴、杏仁等。如果出現甲狀腺炎症需要使用黃芩、黃連等可以清熱瀉火的中藥進行治療。