及時進行治療甲狀腺疾病可以被有效治癒，臨床上需要根據甲狀腺疾病的種類針對性地進行治療。如果出現甲亢，患者需要進行適當休息，避免刺激同時限制碘鹽的攝入。也需要服用抗甲狀腺藥物，包括硫脲類和咪唑類，例如丙硫氧嘧啶、甲硫咪唑，可以減少甲狀腺激素的合成和釋放。

使用藥物後如果血清甲狀腺激素達到了正常的水平，即可減量。也可以使用手術治療，例如甲狀腺次全切除術，在兩側留下部分甲狀腺組織，可以有效的治癒疾病且複發率相對較低。針對甲減，患者需要及時使用左甲狀腺素，可以提高甲狀腺水平從而預防併發症。