胃腸道的間質瘤有一定的遺傳背景，但是並不等於父母患胃腸間質瘤，兒女就一定會得間質瘤。其實不僅胃腸道間質瘤，所有與遺傳相關的一些疾病，如胃癌、腸癌等，只是說它與遺傳有一定關係。如果父母患有此類疾病，則兒女患病的可能性會比普通人要高，但並不等於就一定會患病。

還有可能是在遺傳背景和生活方式等後天因素共同作用下的結果。遺傳背景無法改變，但可通過健康的生活方式，多進行體檢來預防腫瘤的發生。