如果腸道出現子宮內膜異位症，在臨床就會表現為便秘、下腹部疼痛或者在臨床上會出現痛經、月經紊亂而且在月經期下腹部疼痛的症狀會更加明顯。腸道子宮內膜異位症往往通過腸鏡檢查，並且取活檢才可以相應的確診，確診之後必要的時候可以做手術切除，再做吻合手術，臨床上才有可能會使這種症狀得到相應的緩解。

另外，也可以用藥治療，比如可以用上左炔諾孕酮宮內節育系統的方法進行治療，因為子宮內膜異位症如果異位在腸道，會伴隨著在來月經的時候子宮內膜的脫落，而引起異位症病灶局部出現出血，如果上了左炔諾孕酮宮內節育系統，會抑制子宮內膜的生長，使子宮內膜萎縮，也會使異位症的病灶出現萎縮，在臨床上達到治療的目的。