子宮內膜異位症CA125是會增高的，常見的卵巢巧克力囊腫和子宮腺肌症的患者，在查腫瘤標記物時就會發現CA125明顯增高，尤其是卵巢巧克力囊腫CA125大多數會超過100U/mL，而且子宮內膜異位症越嚴重，CA125略高，但是CA125增高對子宮內膜異位症沒有特異性。很多原因都會造成CA125增高，比如盆腔炎肝臟疾病都會造成CA125增高。

所以要根據臨床症狀以及輔助檢查進行鑑別。臨床上多用CA125水平監測子宮內膜異位症，病變活動的情況以及監測療效和復發，對診療更有臨床價值，治療有效時CA125會降低，病情復發時就會增高。