子宮內膜異位症和巧克力囊腫有一定的區別，主要區別有以下幾種：

第一、子宮內膜異位症是指子宮內膜組織，出現在子宮腔以外的地方，是一種病變反應；巧克力囊腫是指子宮內膜出現在卵巢上形成囊腫，這兩種疾病產生的位置不一樣。

第二、巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種症狀表現，雖然這兩種疾病都會產生痛經症狀，但是疼痛位置不同，子宮內膜異位症位於盆腔處在進行性交時，會產生明顯的疼痛反應；巧克力囊腫患者在性交時疼痛反應不太明顯。

第三、兩種疾病的治療方法不同，而且藥物作用的位置也不同，需要及時進行檢查判斷才能夠對症治療。