部分子宮內膜異位症患者可無任何症狀，有症狀者主要表現為下腹痛、痛經、不孕、性交不適、月經異常等。治療目的在於縮減和去除病灶、減輕和控制疼痛、治療和促進生育、預防和減少復發。治療方法如下：
　　1、期待治療：症狀輕或者無症狀的輕微病變患者可採取期待治療，如定期複查，並對症處理病變引起的輕微痛經，可服用非甾體類抗炎藥如吲哚美辛、雙氯芬酸、布洛芬等。但是，因內異症可引起不孕，對於希望生育不孕患者，應儘早使用藥物或手術治療，促使其妊娠，妊娠之後，異位的子宮內膜病灶萎縮，分娩之後症狀會有所緩解甚至治癒。
　　2、藥物治療：適用於慢性盆腔痛、經期痛經明顯、有生育要求及無卵巢囊腫形成的患者。因非甾體類抗炎藥僅能緩解症狀，不能阻止病情進展，所以需要使用激素類藥物如口服避孕藥、孕激素、米非司酮、孕三烯酮、促性腺激素釋放激素（LHRH）等控制症狀，延緩病情進展，術前、術後輔助使用也可減少手術併發症、防止術後復發。
　　3、手術治療：對於藥物治療後症狀不緩解、局部病變加劇、生育功能未恢復或較大的卵巢內膜異位囊腫患者，則需採取手術治療，術後還要促性腺激素釋放激素（LHRH）用3-6個月，主要預防復發，增加受孕率。目前首選腹腔鏡手術，常用的手術方式包括保留生育功能手術、保留卵巢功能手術以及根治性手術等。
　　綜上所述，子宮內膜異位症患者若無症狀或症狀輕，可採取期待治療；有生育要求的患者可採用藥物治療或手術治療；藥物治療無效者可採取手術治療，並在術前、術後輔助用藥。