慢性腸胃炎可以分解為慢性胃炎和慢性腸炎，慢性胃炎患者可能會表現為上腹的飽脹、隱痛、燒心、消化不良，自覺上腹堵悶。

但是慢性腸炎的診斷現在已經不再使用，指患者具有症狀包括腹痛、大便性狀較差、腹痛之後出現腹瀉，排便以後腹痛緩解。在不使用慢性腸炎的診斷之後，已經把此部分患者劃歸到功能性腸道疾病，比如腸易激綜合徵。

因此慢性腸胃炎就是慢性胃炎或腸易激綜合徵，如果兩組症狀患者同時具有，可能需要查看到底是下消化的症狀為主，還是上消化道症狀為主，從而才能診斷為慢性胃炎或診斷為腸易激綜合徵。