巧克力囊腫在藥物治療或者手術治療後容易造成不孕，如果出現不孕，主要針對病因進行治療。

輸卵管不通造成的可以選擇藥物或者手術治療來疏通輸卵管，因為輸卵管不通大多數是因為炎症造成的，可以給予抗炎藥物或者中成藥口服，比如金剛藤顆粒、坤復康膠囊等，也可以採取大青鹽熱敷、深部熱療等物理方法治療，治療後可以在月經乾淨的3-7天覆查輸卵管。

如果是因為排卵障礙造成的要促進排卵的治療，可以口服克羅米酚膠囊或來曲唑片，藥物治療或手術治療效果欠佳也可以進行輔助生殖技術助孕，使女性能夠早日懷孕。