巧克力囊腫又稱子宮內膜異位囊腫，關於卵巢子宮內膜異位囊腫的治療，包括手術治療與藥物治療。手術治療一般情況下包括腹腔鏡手術治療、開腹手術治療兩種。

開腹的手術治療包括開腹卵巢巧克力囊腫剝除術、開腹患側附件切除術。腹腔鏡手術包括腹腔鏡下卵巢巧克力囊腫剝除術、腹腔鏡患側的附件切除術。

對於卵巢的巧克力囊腫，如果患者有生育要求，並且年輕的女性，一般選擇開腹或腹腔鏡的巧克力囊腫剝除術。對於沒有生育要求或者絕經後的女性，可以考慮患側附件的切除手術等。