子宮內膜巧克力囊腫，可以通過手術的方式和藥物的方式來進行治療，例如子宮內的巧克力囊腫如果是在三公分以上，是沒有辦法進行藥物來進行治療的。儘可能還是要通過腹腔鏡下的巧克力囊腫撥出手術，幫助把囊腫剝除。然後再進行手術，用藥物例如醋酸戈舍瑞林緩釋植入劑來進行預防巧克力囊腫的復發，它的復發幾率會非常高，會存在有20%-40%的幾率。

子宮內的巧克力囊腫是比較小的，是在三公分以下，可以用觀察的方法，例如可以每3個月或者半年做1次彩超，來判斷一下巧克力囊腫有沒有存在持續性的增大。同時也可以口服的孕激素，例如內美通，可以調理月經週期，也可以治療緩解巧克力囊腫頻繁複發的幾率發生。