巧克力囊腫和子宮腺肌症都是由異位的子宮內膜引起的疾病，病因相同，但發病部位不同，症狀也有區別。巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現，是內膜異位到卵巢引起，而子宮腺肌症是子宮內膜腺體、間質侵入到子宮肌層。發生巧克力囊腫時囊腫大小不一，單個或多發，多表現為下腹痛和痛經，囊腫較大時發生破裂可引起突發性劇烈的疼痛，屬於急腹症之一。

子宮腺肌症表現為子宮增大呈球形，主要臨床表現是經量增多及進行性加重的痛經。在治療方面，藥物治療的效果並不理想，患有巧克力囊腫時腹腔鏡手術治療是主要手段。子宮腺肌症藥物治療無效，並且有長期劇烈痛經且無生育要求的女性，可以行子宮切除手術。