巧克力囊腫可能會影響懷孕。卵巢巧克力囊腫屬於卵巢型子宮內膜異位症，約80%病變累及一側，50%的病人雙側卵巢受累。異位的子宮內膜因週期性出血，進而導致卵巢增大並形成單個或多個囊腫。囊腫的直徑多在5-6cm，最大者直徑可達25cm左右。囊腫內含有褐色黏稠的陳舊性血液，其性狀類似巧克力糊，因此稱為卵巢巧克力囊腫。在巧克力囊腫破裂後，其內容物可刺激局部腹膜，發生局部炎症和組織纖維化，導致卵巢與周圍組織緊密粘連，使卵巢固定在盆腔活動受限，如導致輸卵管粘連或閉鎖，可導致患者不孕。
　　此外，較大的卵巢子宮內膜異位囊腫發生破裂時，其內容物流入盆腔，患者可出現突發性劇烈腹痛，伴有噁心、嘔吐等，而引起急腹症。因而對於較大巧克力囊腫，並造成不孕時，可選擇手術治療如腹腔鏡手術切除病變部位，並在術後儘早妊娠。而對於較小的巧克力囊腫，其對生育影響較小，可以在產科醫生的指導下積極備孕。