子宮畸形的發生一般是在胚胎期的過程當中受到了遺傳的因素或者是環境的因素干擾而導致的。

遺傳因素多半是由於染色體，性染色體的異常，包括它數目的異常和結構的異常。很常見的一個遺傳的因素就是性染色體，正常女性是46XX，有兩條X染色體，有一部分的女性只有45X，就丟失了一條女性的性染色體—X染色體。丟失了這條染色體之後，就會導致她的生殖器官發育出現異常，會出現先天性的無子宮或者是幼稚子宮，甚至是雙子宮、雙陰道這樣一些子宮畸形的一些表現。

環境因素主要是一些藥物，就是激素類的，性激素類藥物的一些使用。在母親的懷孕期間，胚胎生殖器官發育的過程當中，如果接受到這些性激素的影響，可能會導致生殖器官發育畸形，子宮出現發育畸形的一個情況。