如果是治療黴菌的藥物，在來月經期間口服的藥物可以應用，對月經不會造成相應的影響。如果是陰道塞的栓劑或者片劑，在來月經的時候就不可以應用，以免對月經造成影響。另外，有可能用藥物刺激會導致逆行感染，不建議在月經期陰道塞入藥物進行治療。黴菌性陰道炎可以用外用的藥物，也可以口服用藥，都能達到治癒的目的。

如果想外用藥物，在月經完全乾淨以後再外用藥物進行治療。黴菌性陰道炎的治療需要在臨床症狀完全消失之後，3次實驗室檢查都是陰性的情況下，才可以停止用藥進行治療。