對於發生胚胎停育的患者，要及時終止妊娠，因為胚胎停育時間越長，會對凝血功能造成影響，則會增加出血，還有感染風險。胚胎停育患者建議住院治療，因為手術風險比普通人流和清宮要大。

正常情況下建議先吃藥，通過藥流使胚胎鬆動，然後再在宮腔鏡下進行清宮手術。這樣可以儘量把胚胎組織清除，減少胚胎殘留，還有子宮收縮不良的概率。進行完清宮後，還要予以抗感染治療，同時當患者恢復好後，建議夫妻雙方共同去優生遺傳科做檢查。