胎囊呈白色絨毛樣物質，在醫院流產後的胎囊作為醫療垃圾會統一回收，然後做相應的處理。不論是自然流產、人工流產、藥物流產，在醫院發生流產後，醫生會根據掉下來的胎囊大小與流產前婦科B超報告的結果進行比對，如果大小相符則證明妊娠囊是完整的。如果只有部分妊娠物排出，還有部分在宮腔或者是宮頸口，出現不全流產可能導致陰道大量出血，可行清宮術以防止出血不止。

如果流產後患者查清楚流產的原因，可把流產下的胎囊做DNA檢查。術後女性需要給予促宮縮和抗感染的藥物進行治療，流產後一週複查盆腔超聲檢查宮腔的恢復情況。禁止性生活、盆浴一個月，飲食上以清淡、易消化為原則，忌生冷、辛辣、刺激性的食物。