三代試管嬰兒費用大概在10萬元左右。三代試管嬰兒又稱為胚胎植入前遺傳學診斷技術，主要針對於染色體異常或者是有遺傳病，或反覆出現胎停育的人群，來做三代試管嬰兒。由於三代試管嬰兒需要囊胚檢測絨毛染色體，所以需要的胚胎數目較多。有些卵巢功能減退的人，可能需要兩、三個促排卵週期，才能進行胚胎遺傳學診斷。

三代試管嬰兒授精的方式，是採用單精子卵泡漿內注射技術，所以耗費也比一代試管嬰兒的費用大。另外還需要冷凍胚胎及胚胎復甦，所以都增加三代試管嬰兒的費用。