一代試管嬰兒和二代試管嬰兒，在適應症和操作上都是有區別的。

首先是適應症，一代試管嬰兒主要是針對中度和部分重度的男性少弱精子症，以及輕中度的畸形精子症進行的助孕手段，同時女方的適應症包括反覆的人工授精助孕失敗、子宮內膜異位症、多囊卵巢綜合徵、輸卵管梗阻等。二代試管嬰兒屬於一代試管嬰兒技術的補充和衍生，主要針對的是男性的重度少弱精子症、梗阻性無精子症和嚴重畸形精子症以及反覆IVF受精失敗的患者。

其次在技術操作上，一代試管嬰兒是把精子和卵子放在培養液中，兩者自然狀態下結合完成受精過程以及後期的分裂過程。二代試管嬰兒是人為的選擇形態和活力比較好的精子注射到卵子的胞漿內完成受精過程，後面的分裂過程和一代試管嬰兒一樣。

兩者在妊娠率、胚胎分裂過程、優質胚胎的比例，以及子代的安全性方面沒有明顯區別。