包皮微創手術後的近期併發症是感染以及出血、水腫，遠期併發症有包皮口狹窄。對於這些併發症的預防術後自己要觀察，如果吻合位置、包皮環切位置出血，或有血腫時要隨時就診。

對於遠期的併發症，如包皮過短、包皮口狹窄，可能要重新進行整形手術。一般環套自動脫落的時間大概是2-3周，如果2-3周環套器和吻合器鐵釘沒有自然脫落，患者可能要到醫院清除環套和吻合的鐵釘。