兒童發育遲緩和基因有一定的關係，但不是絕對的，因為造成寶寶發育遲緩的原因非常複雜，基因的因素只是其中的一個方面。首先是和基因有關的發育遲緩，如果兒童的父母有智力的低下，這種情況也會引起兒童發育的遲緩，尤其是智力的落後。如果兒童有21三體綜合徵，也會由於基因的關係造成發育遲緩。其次是由於兒童患有甲狀腺功能減退症引起的發育遲緩，兒童體內甲狀腺素分泌過低以後，也會造成發育遲緩以及新陳代謝的減慢。