兒童陰囊小原因較多，具體如下：

1、睪丸位於陰囊內後部位，對陰囊具有擴充作用。如果睪丸未在陰囊中，陰囊扁平，需及時就醫進行專門體檢，判斷是否出現隱睪；

2、患兒肥胖：可能陰囊中脂肪較多，睪丸包括精索發育較差，需大量脂肪填充，可能出現陰囊較小現象；

3、部分患兒存在內分泌紊亂、激素分泌異常可能導致陰囊較小。