兩性畸形術前先需進行性別分配，根據兩性畸形的綜合評估得到最終結果，將患兒分配為男孩子或女孩子。性別分配宜早不宜遲，越早越好，只要檢查結果進行完善，在有條件進行性別分配時，因儘早進行分配，然後做相應男性化手術或是女性化手術。

通常患兒出生後6個月就可以逐漸開始進行兩性畸形手術，6-18個月屬於較合理的手術時間，最遲不要超過上幼兒園。在入幼兒園前就要把性別分配完畢，並且進行兩性畸形的手術。當然若患兒存在男性化手術條件，也存在女性化手術條件，且無明顯性心理傾向時，患兒難以進行性別分配，可以等待至青春期前再最終進行性別分配。然後按照性別分配做相應手術，選擇男性化手術或者女性化手術。