根據隱匿性陰莖的程度不同和具體合併疾病不同，治療計劃不同，具體如下：

1、完全性隱匿性陰莖建議1-3歲時進行手術治療；

2、有巨大腹股溝斜疝或鞘膜積液的，需先行斜疝或鞘膜積液手術，術後診斷明確再行手術治療；

3、肥胖兒需要先減肥後再進行確診；

4、部分隱匿性陰莖可根據陰莖的發育情況以及合併包莖的程度不同，選擇保守治療或者手術治療；

5、1歲以內的患兒需要合理餵養，控制體重。

一般手術方法分為：傳統型手術治療，此手術出血量多，採用縫合線通常不可吸收，手術後需進行拆線，恢復時間也比較長。激光環切手術，主要採用激光刀環切的方法，在手術中有直接凝血的作用，患者出血量少，恢復較快。