在進行前列腺囊腫手術前，可以對患者採用椎管內麻醉、全身麻醉。對於椎管內麻醉，可以採用硬膜外麻醉、腰麻，經過棘突之間的椎間隙將麻藥打入椎管內，不管是蛛網膜下腔或硬膜外腔，都可使下半身產生麻醉作用，從而完成手術。椎管內麻醉應注意局麻藥使用的併發症，比如擴張動脈、靜脈，患者可能出現低血壓、呼吸抑制，術後出現噁心、嘔吐，腰麻後可出現頭疼等。

全麻涉及到鎮靜、鎮痛、肌松，還有進行氣管插管、應用喉罩，可出現血壓下降、呼吸抑制、噁心、嘔吐、尿瀦留等。通常對於上述併發症，有經驗的麻醉醫生均可妥善處理，對患者較為安全。部分患者可能不願意進行半身麻醉或椎管內麻醉，此時可以進行全身麻醉，在麻醉醫生的掌控之下均較為安全有效。