如果屬於功能性消化不良，特別為存在物理性消化不良因素類型時，可以服用嗎丁啉治療。嗎丁啉化學名為潘立酮，屬於促進胃蠕動藥物，可以改善物理性消化不良及消化道物理活動狀態，從而緩解消化不良症狀。

功能性消化不良主要包括物理性消化不良與化學性消化不良，其中物理性消化不良與腸道以及消化道蠕動減慢、不佳有關。化學性消化不良，即攝入食物在消化吸收過程中，需要較多消化酶參與，包括澱粉酶、脂肪酶、蛋白酶等，均屬於化學性消化範疇。部分消化不良主要由於器質性病變引起，比如膽源性消化不良通常與慢性膽囊炎有關，或者因消化性潰瘍可造成消化不良相關症狀。如果為器質性消化不良時，較重要治療方法為針對器質性病變進行治療，治療後消化不良症狀可得到明顯改善。